一、确定申请项目和检测能力
申请项目和检测能力的多少决定实验室建设规模的大小和投入的多少，实验室应根据自身的需要、技术能力、人员等情况，拟定资质认定的申请项目，并填写好申请资质认定检测能力表。确定申请项目的原则一般为：
1、根据政府政务信息发布的需求；
2、根据水功能区和入河排污口管理的需求；
3、根据取水许可和水资源论证工作的需求；
4、根据本实验室所能投入的资金的多少；
5、根据实验室自身所能使用的人员技术能力；
一般说来，水利系统根据其管理职能的要求，需要具备一大类4个项目的能力，即水这个大类，4个项目为：地表水、生活饮用水、地下水、污废水和再生水4个项目，根据水利系统现有实验室建设的经验，首次认证一般申请项目总数（不包含重复）在30~35个参数之间，具备基本的常规水质检测能力。
二、根据所申请的能力配备相应的硬件
根据所申请的检测能力，实验室应配备能够满足能力要求的所有硬件设备，包含试验场地、仪器设备、辅助设备、安全设备、药品试剂、标准物质、各类消耗品等。下面就附表1中所申请的项目需要具备的基本硬件做简要说明。
1、试验场地
一般来说，为了满足附表1中所申请的项目参数的检测，实验室应具备主分析室、次分析室、原子吸收室、原子荧光室、精密仪器室、天平室、微生物分析室、药品室、玻璃器皿耗材室、纯水制备室、加热消解室、样品管理室等共12个房间用作试验场地，另应具备办公室、档案室和会议室等基本办公需要的场地。
2、主要仪器设备
实验室为了能满足附表1中的能力参数，需要配备的主要仪器设备有：原子荧光分光光度计、原子吸收分光光度计、紫外可见分光光度计、可见分光光度计、红外测油仪、pH计、电导率仪、电热恒温培养箱、生化培养箱、洁净工作台（或生物安全柜）、高温电阻炉、电热鼓风干燥箱、高压灭菌器、电子天平等。
3、辅助设备、药品试剂和标准物质
除了试验场地和主要仪器设备之外，实验室还需配备试验台柜、通风柜、药品柜、玻璃器皿柜等辅助设施设备，并根据所申请项目参数的检验方法确定需购置的药品试剂和标准物质。
4、安全设备、采样用车辆等
实验室还要根据准则的要求，配备满足实验室自身及人员安全所必须的一些安全设备，比如灭火器等各类消防器材，试验人员日常使用的个人防护器材等。另外，实验室还应具备采样所需的车辆、采样设备设施等。